Psychiatrická nemocnice Jihlava je odborným léčebným ústavem, který poskytuje komplexní odbornou psychiatrickou a diagnostickou péči ústavní, ambulantní a zajišťuje činnost ústavní lékárny a lékárny pro veřejnost. Dále vykonává ekonomickou, investiční, provozní, technickou, administrativní a další obdobnou činnost v rozsahu potřebném pro naplnění svého účelu. Vedoucím organizace je její ředitel, kterého jmenuje a odvolává ministr zdravotnictví. 
Ředitel je statutárním orgánem organizace a je oprávněn jednat jejím jménem ve všech záležitostech. Ředitele v době jeho nepřítomnosti zastupuje v plném rozsahu práv a povinností jeho zástupce. Poradním orgánem ředitele je ústavní rada.

Organizační členění a řídící vztahy upravuje organizační řád, který vydává ředitel. 
Řediteli jsou přímo podřízeni: náměstek pro ekonomiku a provoz, primáři jednotlivých primariátů, hlavní sestra, vedoucí lékárník, vedoucí psycholog, interní auditor.

Dlouhodobou snahou je poskytovat kvalitní léčbu všem pacientům. K tomu slouží využívání současných poznatků v léčbě duševních poruch, standardních postupů zahrnujících jak farmakoterapii, tak i další léčebné postupy. Úroveň léčby a dostupnost farmak jsou srovnatelné s evropským i světovým standardem.

Trvalým úsilím je zlepšování materiálních podmínek pro pobyt pacientů. Vzhledem k průměrnému stáří budov 80 - 110 let je nutné investovat nemalé finanční prostředky do rekonstrukcí a údržby budov a technického zázemí.
 

Organizační struktura

V čele Psychiatrické nemocnice Jihlava je ředitel, kterého do funkce jmenuje zřizovatel, který je též oprávněn jmenovaného ředitele odvolat. Ředitel je statutárním orgánem a je oprávněn jednat jménem nemocnice ve všech věcech. V době nepřítomnosti je ředitel pro oblast poskytování zdravotní péče zastoupen pověřeným primářem oddělení, ve všech ostatních věcech náměstkem pro ekonomiku a provoz.  Zaměstnanci ve vedoucích funkcích v přímé řídící podřízenosti statutárního orgánu jsou: náměstek pro ekonomiku a provoz, primáři oddělení, hlavní sestra, vedoucí lékárník.

Zaměstnance do vedoucích funkcí jmenuje a odvolává ředitel. Vedoucí zaměstnanci odpovídají za plnění všech povinností na svěřených úsecích činnosti. Jsou oprávněni jednat jménem nemocnice jen v rozsahu své působnosti vyplývající z odpovědnosti za svěřené úseky činnosti. Nad rámec této působnosti mohou jednat jménem nemocnice jen na základě písemného zmocnění přímým nadřízeným.

Na základě čl. VII zřizovací listiny Psychiatrické nemocnice Jihlava a podle článku V. Statutu vydává ředitelka Psychiatrické nemocnice Jihlava níže přiložený organizační řád.